秀吉不在の隙を突いて、柴田方の武将の佐久間盛政の攻撃を受けると、秀長たち豊臣方は苦戦。味方の武将の中川清秀が討ち死にするなどの損害を被ることに。しかし、秀長は秀吉が戻ってくるまで陣を死守し、最終的には柴田方を敗走させて、豊臣方の勝利に結びつけたと言われている。
ただ、秀長はこの戦いの時に何かしらの失態を犯したようで、秀吉に「自分とタネが違う」と激しく面罵されている。わざわざ自分と父親が違うことをあげつらうほどの激昂なのだから、秀長の無能っぷりが余程腹に据えかねたのだろう。
二カ国の太守とは名ばかり
柴田勝家を滅ぼしたのち、秀吉は自らの支配地域を一気に拡大。織田政権の後継者としての地歩を固めていく。
秀長も、論功行賞として、これまで秀吉が治めていた播磨と但馬の両国の統治を任され、姫路城の城主になっている。
ただし、その実態は少し異なっている。播磨のほとんどの地域は秀吉の直轄領で、秀長が支配できたのは姫路城を中心とした限定された地域だけ。しかも、秀長本人も秀吉の天下獲り事業の補佐のために各地に出陣していたので、領国を不在にすることが多く、二カ国の太守とは名ばかり。秀吉からの評価も所詮その程度だった。
秀長は、四国の長曾我部攻めでは、その頃、病を患っていた秀吉の名代として、豊臣方の大軍を率いて攻め込んでいる。
