彼が冨を築いた経緯に不明な部分が多いことで諜報機関の工作員であったという説が事件発覚以前から報じられてきた。このこと自体は疑惑の範疇に留まるものである。
2月19日、アンドリュー元王子がイギリス警察に拘束される（現在は釈放されている）ということがあったが、公務で得た機密情報をエプスタインに渡していた疑いに対する捜査の中でのことのようだ。
このようにエプスタインが各国の要人から機密情報を得ていたという疑い。それは犯罪的性接待の見返りであったのではないかという疑いは濃厚である。
同好の士を集めて性犯罪サークルを運営していたというより、相手に非合法な性接待を提供することで、恩を売ると同時に弱みを握ることで、情報をリークさせるようにするために運営していたのではないかという疑いもある。
しかし、本当に特定の諜報機関のエージェントなのか、そうやって得た情報を投資などに利用していたのか、そういった情報を売り飛ばして稼いでいたのか、現時点でははっきりしていない。
繰り返しになるが、これらの重大犯罪に関する疑惑を捜査し、事実を明るみに出していくことは必要なことであるが、情報の断片から背後関係を断定し、それはどういったものであるということを語りだすのは陰謀論でしかないのである。
日本の島での似た事例
陰謀論というのは連結されていくもので、エプスタイン陰謀論も過去の陰謀論と様々な繋がりがあるわけだが、ここからさらに派生しているものもある。
三浦春馬他殺説の中には「アミューズが経営する保養所のある島が実はエプスタイン島と同じようなディープステートが運営する小児性愛者の島であり、それを告発しようとしたことで三浦さんは殺された」というものがある。
最近では既に否定された陰謀論であるピザゲートが「エプスタイン文書」の公開によって復活するということが起こっている。
